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硫酸软骨素（Chondroitin Sulfate，CS）是一类由葡萄糖醛酸（GlcUA）和N-乙酰半乳糖胺（GalNAc）组成的二糖单位（GlcUAβ1-3GalNAc）通过β-1,4糖苷键重复连接而成的硫酸化GAGs。在生物合成过程中，首先在核心蛋白的特定丝氨酸残基上合成CS的软骨素基本骨架（-4GlcAβ1-3GalNAcβ1-），期间糖链中GalNAc的C6和C-4及GlcA的C2在多种硫酸基转移酶作用发生硫酸化修饰，从而形成具有多种不同和硫酸化模式的二糖单位。不同动物组织来源的CS通常根据其包含的主要二糖单位或富含的稀有二糖单位来命名：如哺乳动物软骨来源的CS-A，主要含有4-O-硫酸化二糖GlcAβ1-3GalNAc(4S)（A unit）；鲨鱼软骨来源的CS-C，主要含有6-O-硫酸化二糖GlcAβ1-3GalNAc(6S)（C unit）；鲨鱼翅来源的CS-D，富含稀有2,6-O-硫酸化二糖GlcA(2S)β1-3GalNAc(6S)（D unit）；鱿鱼软骨来源的CS-E，富含稀有4,6-O-硫酸化二糖GlcAβ1-3GalNAc(4S, 6S)（E unit）。此外，常见的二糖单元还包括三硫酸化修饰的二糖T unit（GlcA(2S)β1-3GalNAc(4S, 6S)）等。这些硫酸化修饰使CS的组成和结构高度复杂，并赋予了其多样的生物学功能，如参与了神经系统发育、细胞分裂、细胞分化、细胞信号转导、形态发生和炎症等各种生理和病理过程。